MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp36

Total Repeats: 344

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017411	AT	3	6	29	34	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017411	ATT	2	6	57	62	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017411	A	6	6	66	71	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017411	AT	3	6	126	131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017411	CAA	2	6	132	137	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017411	A	6	6	140	145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017411	A	6	6	161	166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017411	ATA	2	6	179	184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017411	TAT	2	6	218	223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017411	AGTT	2	8	247	254	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017411	ATT	2	6	277	282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017411	TAC	3	9	316	324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017411	AT	3	6	371	376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017411	A	7	7	388	394	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017411	A	7	7	398	404	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017411	TATAA	2	10	419	428	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017411	TAATA	2	10	432	441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017411	TA	3	6	864	869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017411	TAT	2	6	897	902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017411	AAT	2	6	1013	1018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017411	AAAT	2	8	1049	1056	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017411	AT	3	6	1061	1066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017411	TAA	2	6	1093	1098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017411	ATT	3	9	1101	1109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017411	CAAA	2	8	1119	1126	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017411	AGA	2	6	1175	1180	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017411	T	7	7	1181	1187	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017411	TAA	2	6	1202	1207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017411	TCT	2	6	1246	1251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017411	AGA	2	6	1256	1261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017411	A	6	6	1264	1269	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017411	TA	3	6	1276	1281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017411	ATTGA	2	10	1322	1331	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017411	TAAAC	2	10	1334	1343	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017411	TAA	3	9	1372	1380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017411	TATT	2	8	1396	1403	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017411	A	6	6	1414	1419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017411	A	8	8	1433	1440	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017411	T	6	6	1481	1486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017411	AAT	2	6	1498	1503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017411	AAT	2	6	1508	1513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017411	T	6	6	1572	1577	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017411	GATT	2	8	1717	1724	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017411	T	7	7	1723	1729	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017411	A	7	7	1804	1810	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017411	TAA	2	6	1835	1840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017411	ATA	2	6	1933	1938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017411	TAA	2	6	1941	1946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017411	ATTC	2	8	1967	1974	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017411	T	6	6	1975	1980	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017411	TATT	2	8	2009	2016	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017411	ATTTTG	2	12	2055	2066	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017411	AT	3	6	2099	2104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017411	A	11	11	2151	2161	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017411	CAAA	2	8	2179	2186	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017411	AGG	2	6	2216	2221	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017411	ATT	2	6	2237	2242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017411	AAT	2	6	2269	2274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017411	A	7	7	2320	2326	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017411	T	8	8	2347	2354	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017411	TTA	2	6	2406	2411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017411	CCT	2	6	3199	3204	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017411	AT	3	6	3221	3226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017411	T	7	7	3300	3306	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017411	T	6	6	3330	3335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017411	CTT	2	6	3352	3357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017411	T	7	7	3361	3367	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017411	T	6	6	3372	3377	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017411	T	6	6	3392	3397	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017411	T	7	7	3413	3419	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017411	T	7	7	3421	3427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017411	T	7	7	3815	3821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017411	TTA	2	6	3845	3850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017411	T	6	6	3897	3902	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017411	T	6	6	3904	3909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017411	TAAG	2	8	3926	3933	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017411	CTG	2	6	4142	4147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017411	TGT	2	6	4213	4218	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017411	TAG	2	6	4232	4237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017411	TAT	2	6	4285	4290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017411	TCT	2	6	4394	4399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017411	ACC	2	6	4463	4468	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017411	TAA	2	6	4518	4523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017411	TGA	2	6	4555	4560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017411	A	6	6	4644	4649	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017411	A	6	6	4718	4723	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017411	A	7	7	4737	4743	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017411	CTC	2	6	4779	4784	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017411	TCA	2	6	4808	4813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017411	A	6	6	4815	4820	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017411	TAAT	2	8	4842	4849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017411	GAA	2	6	4888	4893	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017411	A	6	6	5067	5072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017411	ATG	2	6	5143	5148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017411	A	6	6	5158	5163	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017411	TAAGC	2	10	5176	5185	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017411	CAA	2	6	5189	5194	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017411	TA	3	6	5216	5221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017411	GT	3	6	5242	5247	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017411	A	6	6	5296	5301	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017411	CCT	2	6	6019	6024	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_017411	AAT	2	6	6031	6036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017411	AT	3	6	6035	6040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017411	ATTT	2	8	6058	6065	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017411	TTAATA	2	12	6077	6088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017411	TAG	2	6	6104	6109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017411	A	6	6	6148	6153	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017411	CAT	2	6	6204	6209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017411	AAG	2	6	6221	6226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017411	ATT	2	6	6262	6267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017411	A	7	7	6287	6293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017411	TAT	2	6	6341	6346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017411	TAT	2	6	6354	6359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017411	TTTA	2	8	6396	6403	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017411	A	8	8	6406	6413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017411	ATT	2	6	6419	6424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017411	T	7	7	6433	6439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017411	ATTT	2	8	6440	6447	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017411	TAAA	2	8	6466	6473	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017411	A	6	6	6501	6506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017411	A	6	6	6516	6521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017411	ATAA	2	8	6558	6565	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017411	TAA	3	9	6578	6586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017411	AGA	2	6	6698	6703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017411	AAG	2	6	6804	6809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017411	TAA	2	6	6815	6820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017411	AAT	2	6	6866	6871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017411	A	9	9	6888	6896	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017411	TTA	2	6	6907	6912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017411	T	6	6	6954	6959	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017411	AAC	2	6	6969	6974	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017411	AG	3	6	6979	6984	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017411	ATT	2	6	6996	7001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017411	ATT	2	6	7058	7063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017411	TAAA	2	8	7064	7071	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017411	ATT	2	6	7138	7143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017411	GCTA	2	8	7246	7253	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017411	T	6	6	7254	7259	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017411	T	6	6	7267	7272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017411	TATT	2	8	7274	7281	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017411	A	6	6	7288	7293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017411	TA	3	6	7313	7318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017411	CGA	2	6	7327	7332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017411	T	6	6	7339	7344	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017411	TAT	2	6	7418	7423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017411	ATT	2	6	9107	9112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017411	A	7	7	9123	9129	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017411	A	6	6	9134	9139	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017411	T	6	6	9173	9178	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017411	TTA	2	6	9184	9189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017411	ATT	2	6	9200	9205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017411	TG	3	6	9209	9214	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017411	T	6	6	9223	9228	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017411	AGT	2	6	9266	9271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017411	ATAA	2	8	9302	9309	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017411	TAA	2	6	9317	9322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017411	ATTTA	2	10	9341	9350	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017411	TCT	2	6	9380	9385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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293	NC_017411	A	6	6	19350	19355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_017411	T	6	6	19796	19801	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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304	NC_017411	T	6	6	19838	19843	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_017411	AATA	2	8	19844	19851	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_017411	GAT	2	6	19857	19862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
307	NC_017411	TACT	2	8	19881	19888	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
308	NC_017411	T	6	6	19927	19932	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_017411	ATA	2	6	19990	19995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_017411	ATC	2	6	19999	20004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
311	NC_017411	CTA	3	9	20016	20024	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_017411	TAA	2	6	20031	20036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_017411	T	7	7	20126	20132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_017411	ATT	2	6	20134	20139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_017411	A	7	7	20218	20224	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_017411	TTC	2	6	20299	20304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
317	NC_017411	GATA	2	8	20319	20326	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
318	NC_017411	T	6	6	20342	20347	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_017411	ATA	2	6	20349	20354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
320	NC_017411	TCTT	2	8	20356	20363	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
321	NC_017411	T	8	8	20421	20428	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_017411	AT	3	6	20442	20447	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_017411	TTA	2	6	20464	20469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_017411	ATT	2	6	20476	20481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_017411	T	6	6	20480	20485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_017411	AAG	2	6	20682	20687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
327	NC_017411	CA	3	6	20767	20772	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
328	NC_017411	TATT	2	8	20793	20800	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
329	NC_017411	TACC	2	8	22259	22266	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
330	NC_017411	TAC	2	6	22268	22273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
331	NC_017411	TGT	2	6	22284	22289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
332	NC_017411	TTA	2	6	22318	22323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_017411	AGAT	2	8	22343	22350	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
334	NC_017411	ATT	2	6	22397	22402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_017411	TAT	3	9	22429	22437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_017411	CA	3	6	22484	22489	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
337	NC_017411	A	6	6	22500	22505	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
338	NC_017411	A	6	6	22508	22513	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_017411	TAA	2	6	22529	22534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_017411	A	6	6	22533	22538	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_017411	TTGT	2	8	22572	22579	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
342	NC_017411	TAA	2	6	22588	22593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_017411	GTTT	2	8	22740	22747	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
344	NC_017411	T	6	6	22784	22789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.